ՀԱՅԱՍՏԱՆԻ ԿԵՆՍԱԲԱՆԱԿԱՆ ՀԱՆԴԵՍ =Biological Journal of Armenia

Creation of mixed lipid bilayer: A force field development

Poghosyan, A. H. and ayvazyan, N. M. (2015) Creation of mixed lipid bilayer: A force field development. Հայաստանի կենսաբանական հանդես Biological Journal of Armenia Биологический журнал Армении, 67 (5). pp. 96-98. ISSN 0366-5119

[img]
Preview
PDF - Requires a PDF viewer such as GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
442Kb

Abstract

A mixed bilayer with 64 various lipid molecules were built and tested by the GROMACS software package modules. The force fields of mentioned 64 lipid molecules were generated using PRODRG and ATB servers and partially changed taking into account the features of lipid molecules. Simultaneously, we have created a mixed bilayer using CHARMM-GUI online generator server, which is aimed to create lipid bilayers with different lipid molecules. Note that the latter provide force fields for CHARMM input. Theresulting mixed bilayer was minimized and equilibrated for long run simulation. GROMACS ծրագրային փաթեթի մոդուլներով կառուցվել և թեստավորվել է 64 տարբեր լիպիդային մոլեկուլներով խառը երկշերտ: Վերը նշված 64 լիպիդային մոլեկուլների ուժային դաշտը ստացվել են PRODRG և ATB սերվերներով և մասամբ փոփոխվել են հաշվի առնելով լիպիդային մոլեկուլների առանձնահատկությունները: Միաժամանակ, կառուցվել է խառը երկշերտ, օգտագործելով CHARMM-GUI առցանց գեներատոր սերվերը, որը նախատեսված է տարբեր լիպիդային մոլեկուլներով լիպիդային երկշերտերի կառուցման համար: Նշենք, որ վերջինս ապահովում է CHARMM ուժային դաշտերը: Արդյունքում խառը երկշերտը մինիմիզացվել է և հավասարակշռվել երկարաժամկետ մոդելավորման ընթացքում: Смешанный бислой 64 разными липидными молекулами были построены и протестированы с помощью модулей программного обеспечения пакета GROMACS. Силовые поля упомянутых 64 липидных молекул были получены с использованием серверов PRODRG и ATB и частично изменены с учетом особенностей липидных молекул. Одновременно мы построили смешанный бислой, используя CHARMM-GUI онлайн генератор сервер, который предназначен для создания липидных бислоев с различными липидными молекулами. Отметим, что последний обеспечивает силовые поля для пакета CHARMM. В результате смешанный бислой минимизировался и уравновешивался в течение длительного моделирования.

Item Type:Article
Additional Information:Խառը լիպիդային երկշերտի կառուցում: ուժային դաշտի մշակում / Ա. Հ. Պողոսյան, Ն.Մ. Այվազյան։ Создание смешанного липидного бислоя: разработка силового поля / А. Г.Погосян, Н. М. Айвазян.
Uncontrolled Keywords:Computer simulations – force field development
Subjects:Biology > Physiology
ID Code:11208
Deposited By:Ruzan Tumanyan
Deposited On:29 Jun 2015 14:09
Last Modified:29 Jul 2015 07:59

Repository Staff Only: item control page