ՀԱՅԱՍՏԱՆԻ ԿԵՆՍԱԲԱՆԱԿԱՆ ՀԱՆԴԵՍ =Biological Journal of Armenia

Филогения вируса Африканской чумы свиней, основанная на сравнительном анализе и байесовском выводе для ряда протеинов

Коцинян, А. Р. (2016) Филогения вируса Африканской чумы свиней, основанная на сравнительном анализе и байесовском выводе для ряда протеинов. Հայաստանի կենսաբանական հանդես Biological Journal of Armenia Биологический журнал Армении, 68 (2). pp. 38-48. ISSN 0366-5119

[img]
Preview
PDF - Requires a PDF viewer such as GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
1340Kb

Abstract

Филогенетические взаимоотношения генотипов вируса АЧС остаются предметом дискуссий. Использование кладистического анализа по отношению к генам MGF110 12L, 13L и 14L позволило предложить гипотезу, описывающую филогенетические взаимоотно-шения генотипов АЧС. Основываясь на этой гипотезе, переукоренены байесовские выводы для генов MGF110 12L, MGF360 13L, A859L, D1133L и D129L 16 тотально секвенирован-ных изолятов вируса АЧС. Показано существование двух сестринских ветвей (субклад), включающих в себя, с одной стороны, генотипы VIII, XI и X, а с другой – генотипы I, II, I/VII, IV, XX/I и V/I, каждая из которых в свою очередь делится на две субклады. Показаны некоторые несоответствия гипотезе, объяснённые возможными рекомбинационно/конверсионными событиями между генотипами. ԽԱԺ վիրուսի գենոտիպերի ֆիլոգենային հարաբերությունները դեռևս քննարկման առարկա են։ MGF110 12L, 13L և 14L գեների կլադիստիկական վերլուծության միջոցով առաջարկվել է ԽԱԺՎ-ի գենոտիպերի փոխհարաբերության վարկած։ Հիմնվելով այդ վարկածի վրա՝ վերաարմատավորվել են MGF110 12L, MGF360 13L, A859L, D1133L և D129L գեների և 16 ամբողջությամբ սեքվենավորված իզոլյատների բայեսյան արտածումները։ Ցույց է տրվել երկու դուստր ճյուղերի (ենթադասերի) գոյությունը, որոնք ներառում են մի կողմից՝ VIII, XI և X, մյուս կողմից՝ I, II, I/VII, IV, XX/I և V/I գենոտիպերը, որոնցից յուրաքանչյուրը, իրենց հերթին, բաժանվում են երկու ենթաճյուղերի։ Ցույց է տրվել նաև անհամապատասխանություն վարկածում՝ պայմանավորված գենոտիպերում տեղի ունեցած հնարավոր ռեկոմբինացիոն/կոնվերսիոն իրադարձություններով։Phylogenetic relationship of ASFV genotypes remains a matter of debate. The use of cladistic analysis in relation to genes MGF110 12L, 13L and 14L allowed proposing a hypothesis describing phylogenetic relationships of ASFV genotypes. Based on that hypothesis, Bayesian interferences of genes MGF110 12L, 13L MGF360, A859L, D1133L and D129L, and 16 totally sequenced ASFV isolates have been rerooted. The existence of two sister branches (subclades) is reported, which include on the one hand the genotypes VIII, X and XI, and on the other hand the genotypes I, II, I/VII, IV, XX/I and V/I, each of which in turn is divided into two subclades. In addition, inconsistencies in the hypothesis are shown, explained by possible recombina-tion/conversion events occurred between genotypes.

Item Type:Article
Additional Information:Խոզերի աֆրիկյան ժանտախտի վիրուսի (ԽԱԺՎ) ֆիլոգենեիան՝ հիմնված որոշ սպիտակուցների համեմատական վերլուծության և բայեսյան արտածման վրա / Ա. Ռ. Կոծինյան, Phylogeny of African swine fever virus (ASFV) based on a comparative analysis and Bayesian inference of some proteins / A. R. Kotsinyan
Uncontrolled Keywords:Африканская чума свиней – молекулярная филогения – рекомбинация – конверсия
Subjects:Biology > Molecular Biology
ID Code:11277
Deposited By:Ruzan Tumanyan
Deposited On:20 Jul 2016 13:36
Last Modified:20 Jul 2016 13:36

Repository Staff Only: item control page