ՀԱՅԱՍՏԱՆԻ ԿԵՆՍԱԲԱՆԱԿԱՆ ՀԱՆԴԵՍ =Biological Journal of Armenia

Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) profiles of the partial 16S rRNA genes defined bacterial population inhabiting in Armenian geothermal springs

Panosyan, H. H. and Margaryan, A. A. and Trchounian, A. A. (2017) Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) profiles of the partial 16S rRNA genes defined bacterial population inhabiting in Armenian geothermal springs. Հայաստանի կենսաբանական հանդես Biological Journal of Armenia Биологический журнал Армении, 69 (3). pp. 102-109. ISSN 0366-5119

[img]
Preview
PDF - Requires a PDF viewer such as GSview, Xpdf or Adobe Acrobat Reader
556Kb

Abstract

Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of the partial 16S rRNA gene PCR amplicons was used to profile bacterial populations inhabiting in Arzakan, Jermuk and Karvachar geothermal springs. The spring in Arzakan was colonized by chemolithotrophic and phototrophic primary producers related to phyla Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria and Epsilonproteobacteria including. The spring in Jermuk was colonized by phylotypes related to sulfur and hydrogen oxidizing chemolithotrophs belonging to Epsilonproteobacteria, along with a diversity of Bacteroidetes, Spirochaetes, Ignavibacteriae and Firmicutes. Representatives of the phylum Firmicutes were the major component of the bacterial community of Karvachar geothermal spring. Most of the sequences derived from DGGE bands were closely related to uncultivated microorganisms and according to BLASTn analysis shared less than 97% similarity with their closest matches in GenBank, indicating that studied springs harbor a unique community including novel microbial species. 16S ռՌՆԹ-ի գեների հատվածների ՊՇՌ-ամպլիկոնների դենատուրացնող գրադիենտային ժել էլեկտրաֆորեզով (ԴԳԺԷ) որոշվել է Արզականի, Ջերմուկի և Քարվաճառի երկրաջերմային աղբյուրների բակտերիական համակեցությունների կազմը: Արզականի երկրաջերմային աղբյուրում գերակշռում են Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria և Epsilonproteobacteria ֆիլումներին պատկանող քեմոլիթոտրոֆ և ֆոտոտրոֆ առաջնային արտադրիչ բակտերիաները: Ջերմուկի երկրաջերմային աղբյուրում գերակշռող Epsilonproteobacteria ֆիլումին պատկանող ծծմբաջրածինը և ջրածինը օքսիդացնող քեմոլիթոտրոֆներից զատ հայտնաբերվել են Bacteroidetes, Spirochaetes, Ignavibacteriae և Firmicutes ֆիլումներին պատկանող ֆիլոտիպեր: Քարվաճառի երկրաջերմային աղբյուրի բակտերիական համակեցությունում գերակշռող են Firmicutes ֆիլումի ներկայացուցիչները: ԴԳԺԷ պրոֆիլներից ստացված սեքվենավորված հաջորդականությունների մեծամասնությունը համընկել են մանրէների չկուլտիվացվող ձևերի հետ, իսկ BLASTn վերլուծությամբ 97%-ից պակաս նմանություն են ցուցաբերել GenBank-ում առկա հաջորդականությունների հետ, ինչը վկայում է, որ ուսումնասիրված աղբյուրները բնակեցված են մանրէային նոր տեսակներ ներառող մենահատուկ համակեցություններով: Денатурирующий градиентный гель-электрофорез (ДГГЭ) ПЦР-ампликонов фрагментов гена 16S рРНК использован для профилирования бактериальных популяций, обитающих в геотермальных источниках Арзакана, Джермука и Карвачара. Геотермальный источник Арзакан колонизирован представителями фил Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria и Epsilonproteobacteria, включая хемолитотрофные и фототрофные первичные продуценты. Источник Джермук колонизирован филотипами, принадлежащими к серу и водород окисляющим хемолитотрофам, принадлежащими к филе Epsilonproteobacteria, а также с разнообразными Bacteroidetes, Spirochaetes, Ignavibacteriae и Firmicutes. Представители филы Firmicutes были основными компонентами бактериального сообщества геотермального ис-точника Карвачар. Большинство секвенированных последовательностей, полученных из ДГГЭ профиля были тесно связаны с некультивируемыми микроорганизмами и по BLASTn анализу совпадали с ближайшими филогенетически сходными в GenBankменее 97%, что указывает на уникальное сообщество, включающее новые бактериальные виды в изучаемых источниках.

Item Type:Article
Additional Information:Հայաստանի երկրաջերմային աղբյուրների բակտերիաների 16S ռՌՆԹ-ի գեների դենատուրացնող գրադիենտային ժել էլեկտրաֆորեզային (ԴԳԺԷ) պրոֆիլները / Հ. Հ. Փանոսյան, Ա. Ա. Մարգարյան, Ա. Հ. Թռչունյան: Профили денатурирующего градиентного гель-электрофореза (ДГГЭ) фрагментов гена 16S рРНК бактерий населяющих геотермальные источники Армении / О. А. Паносян, А. А. Маргарян, А. А. Трчунян.
Uncontrolled Keywords:Geothermal springs – bacterial community – 16S rRNA genes – DGGE – sequence – BLASTn analysis
Subjects:Biology > Biochemistry
ID Code:11413
Deposited By:Ruzan Tumanyan
Deposited On:14 Oct 2017 08:05
Last Modified:14 Oct 2017 08:42

Repository Staff Only: item control page